Shadow the Hedgehog blev skabt af professor Gerald Robotnik der kontaktede Black Doom, en folkedrab leder af en fremmed race. Han var udødelig og var i stand til at udnytte styrken af Chaos Emeralds. Prof Gerald lavet en handel med Black Doom, om, at hvis han hjalp ham til at skabe skygge gennem brug af hans DNA, til gengæld Black Doom ville modtage den 7. Chaos Emeralds. Dette blev anset for at være en god idé på det tidspunkt. En ung dreng vidne Shadow opvågnen og så fremmede og straks troede, han var ond, han voksede til at være en fremtidig kommandør GUN, og hadede Shadow, fordi han mente, at Shadow forårsagede Maria til at dø. Et stykke tid efter Shadow skabelse, GUN razzia ARK og dræbte alle involverede i projektet. Planen om at lukke Ark ned blev kaldt "The ARK s Indestructible Seal" gør det muligt for ARK at ransaget og lukket ned uden nogen form for kendskab til Projekt: Shadow. Shadow blev befriet af Maria, og de begyndte at løbe væk, da de løb langs en entre, en soldat skudt Maria, men de fortsatte med at køre, indtil de nåede værelse med en flugt pod. Maria satte Shadow i pod beder ham til at love hende, at han vil hjælpe folk på jorden. Hun løsladt derefter kapslen til jorden, dieing kort efter. Shadow blev derefter fanget af regeringen og blev genforenet på et tidspunkt med Professor, som var gået gal efter at have hørt nyheden om Maria død. Han ændrede Shadow hukommelse, så han glemte det oprindelige løfte til Maria, og kun ønskede hævn. Professoren derefter tilføjet et særligt program til ARK, som hvis aktiveret vil føre til verdens ende. Dr. Eggman rejste til Prison Island, hvor Shadow blev holdt på niveau 7 i suspenderet animation. Han derefter løsladt Shadow, Shadow har sine erindringer kun ændret havde hævne Maria på hans sind, han ødelagde en GUN robot, Hot Shot, og fortalte Dr. Eggman at få Chaos Emeralds og møde ham på den centrale kontrolrum, på Space Colony ARK . Mens Eggman rejste til sin base, Shadow brød ind i Federal Reserve Bank og stjal Chaos Emerald, som blev holdt der. Gør dette utilsigtet indrammet Sonic. Shadow blev jagtet af politiet og militæret, og mødte Sonic, indføre selv og vise en ny magt, Chaos Control. Når ombord på Space Colony ARK, Shadow forklarede Eggman om våben, som kunne ødelægge en hel planet, Eclipse Cannon. Men de havde brug for Chaos Emeralds til magten det. Men et bat var aflytning, hun afslører sin identitet at være Rouge Bat. De tre kombineres for at danne et hold og få alle de Chaos Emeralds. De tre rejste tilbage til Prison Island at få Chaos Emeralds gemt der, Shadow sat en bombe og Eggman forårsagede en distraktion, mens Rouge sneg ind Security Hall at stjæle Rød, lyseblå og lilla smaragder der. Hun blev derefter forseglet i et rum, som hun blev fanget af en regering soldat i en robot. Hun kontaktede Shadow om hjælp, ved han først syntes ikke at pleje, men et flashback af Maria ændrede sin mening. Han brød ind i lokalet og Chaos Kontrolleret Rouge og sig selv til Arken. Da de havde 6 smaragder, besluttede de at demonstrere Eclipse kanon magt, de derefter placerede Chaos Emeralds ind kanonen og affyrede mod månen, blæser en del af det af. De forsøgte derefter at få den sidste Chaos smaragd, men det var med haler, Eggman besejrede Tails på ARK og placeret den i Eclipse kanonen, utilsigtet aktivering af en 50 år gamle program er placeret i den tid af professor Gerald s sindssyge. Det program, som professor Gerald indviet i Arken for 50 år siden, blev sat til at aktivere, når alle 7 Chaos Emeralds blev placeret i Eclipse kanonen. En video kom med Gerald forklarer dødsdommen han har lagt dem ind, Chaos Emeralds drevne kernen i kanonen gør det meget reaktive og eksplosiv og fordi Ark blev hurtling mod Jorden, med den kraft af virkningen og kaos Emeralds overvældende kernen, ville Jorden splintres i stykker. Alle med undtagelse af Shadow og Amy, modregne til kernen, i håb om, at med Knuckles hjælp Master Emerald at kontrollere overvældende energi, det ville stoppe Arken. Mens alle var væk, Amy talte med Shadow i et forsøg på at overbevise ham om at hjælpe Sonic og alle andre redde verden. Ved første, Shadow nægtede, men efter Amys optimisitic holdning til menneskeheden, et flashback af Maria kom til hans sind, fik ham til at huske det løfte, han gjorde til hendes 50 år siden. Efter at kaste en tåre, Shadow venstre for at hjælpe Sonic. Shadow fanget op med Sonic og Knuckles i kernen af arken som Biolizard blev løsladt fra sin 50 års fængsel ombord på Arken. Shadow gik forbi Sonic og Knuckles, bestille dem for at få den Chaos Emeralds, mens han kæmpede Biolizard. Efter Shadow slog Biolizard og det kaos Controlled andre steder. Knuckles brugte Master Emerald at stoppe energi fra Chaos Emeralds Eggman talte over en højttaler annoncerer, at Biolizard stadig var i live, og knyttet til Space Colony, trækker den mod jorden. Shadow og Sonic slå Super til det endelige opgør med Biolizard (kendt som endelig fare på dette tidspunkt). Efter at have besejret den Biolizard Shadow og Sonic brugt en stor Chaos Kontrol at genoprette ARK positionering. Da han ikke havde nogen erfaring i opholder sig i hans Super form Shadow besvimede af udmattelse og faldt mod jorden formentlig dieing. Efter nogen tid Rouge hører nyheder om en skat er skjult i en af Dr. Eggmans baser. Hun brød ind i en af Eggmans baser at opdage Shadow holdes i suspenderet animation i en pod. Hun begynder at frigive Shadow, men som hun gør, at hun ubevidst aktiverer E-123 Omega, den endelige og Ultimate E-serien robot. Han er irriteret på Eggman til at forlade ham på basen og beslutter sig for at få hævn over ham ved tilintetgøre alle Doctor robotter, forudsat at Shadow er en af Eggmans robotter, han begynder at skyde hurtigt ødelægge alt. Shadow skubber Rouge af vejen bestilling hende til at bo i det sted, han sætte hende i. Shadow derefter begynder at styrte mod Omega dodging alle de skud affyret, indtil Omega hedder hans mission. Hvilket fører Rouge at indse, at Omega ikke er en fjende og går i mellem de to bryde kampen op. Efter en hurtig snak indser hun, at Omega vil have hævn og Shadow har mistet sin hukommelse på grund af faldet gennem Jordens atmosfære. Efter at have lært dette hun overbeviser de to til at lave et hold. Og de begynder at rejse på jagt efter Eggman for Omega hævn og svar på Shadows tabte fortid. Til sidst efter opdagelsen af en Shadow Android og utallige mængder af kloner holdes ombord hans luft flåde føre Rouge at tvivle og tro, at den virkelige Shadow døde på hans fald fra rummet. Omega beroliger Rouge, at selv om Shadow, at det med dem i øjeblikket, er ikke reel, kloning kan kun udføres med den originale, derfor skal findes et eller andet sted, hvis ikke med skyggen uden en hukommelse, så andre steder. Anyways, Shadow er søger over Westopolis som han forsøger at huske sin fortid, men alt, hvad han husker er hans navn og død Maria, da han gør det, vises en stor rødlig skyggefuld sky over Westopolis med udlændinge falder ned fra himlen deres leder Black Doom vises før Shadow, befalede ham at bringe syv Chaos Emeralds som han lovede. Shadow er tilbage forvirret, men beslutter, at Black Doom, kan vide Shadow fortid, så han går til samle Chaos Emeralds. Efter indsamling den første 2 Chaos Emeralds indser han, at de låse hans erindringer og beslutter sig for at jage mere ned for sig selv, i processen afdække sine erindringer. Efter at han får alle de Chaos Emeralds, er Black Doom plan afsløret. Black Doom skulle bruge den menneskelige befolkning som en strømkilde til Black Comet, hævdede han, at han var at redde menneskeheden fra deres egen ødelæggelse. Han forklarede derefter til Shadow, at han var en dobbelt skabelse mellem professor Gerald og sig selv med sin DNA og DNA professoren allerede havde. En video så begyndte at spille som Team Chaotix fandt den. Det var professor Gerald før hans sindssyge forklarer, at han gjorde en frygtelig fejltagelse at kontakte kometen og Black Doom om hjælp og havde brug Shadow at slette sin fejl. Så kom Maria på skærmen siger, at hun og Shadow vil beskytte planeten. Shadow sænkede hovedet som videoen stoppede med at spille, naturligvis ked af, at hans skaberen og bedste ven var på skærmen. Videoen blev sendt til Guns base og de indså, at de havde fejlbedømt Prof intentioner og formanden navngivet den aktuelle dag som en dag for at fejre ham. Shadow kæmpede Black Doom i hans Super form, og ødelagde Black Comet ved hjælp af Eclipse Cannon, som var dens oprindeligt tiltænkte formål. Derefter besluttede Shadow ikke at dvæle ved hans fortid og flyttes. Kastede et foto af Prof og Maria på jorden i arken, da han gik. Efter nogen tid, Shadow blev en regering agent. Han ses igen, når han er sendt på en mission for at infiltrere Dr. Eggman base for at redde en agent, der er sidste kontakt med GUN var 26 timer siden. Agenten viser sig at være Rouge, der var på vej ud af basen. Shadow og Rouge fortsætte til Rendevous punkt i Kingdom Valley, hvor Eggmans angreb. Han slår Rouge i hovedet, da hun flyver at komme væk fra robotterne, og hun falder Scepter of Darkness. De scepter splintres og Eggman retreats forlader Rouge og skygge bagved. Pludselig en mørk tåge kom ud fra scepter og absorberes Shadow skygge, som derefter tog Shadows form introducerede han sig at være Mephiles. Han sendte Shadow og Rouge til fremtiden. De ankom til fremtiden for at opdage, at de var i Dr. Eggman base, men 200 år frem i tiden. De opdagede, at Eggman havde brugt en maskine til at sende Sonic og de andre til fremtiden og de gået sammen om at finde Chaos Emeralds, som Shadow forklarede, at bruge Kaos Kontrol på samme tid som en anden person kunne tage dem gennem tiden. Sonic og Shadow derefter adskilt for at finde den Chaos Emeralds. Efter finde den grønne Chaos Emerald, Shadow og Rouge opdagede Omega, efter svindel med nogle robot dele og hans programmering Shadow erklærede, at han var i standby. De mødte op med Sonic, Tails og Knuckles foran en vulkan, efter Rouge drille Knuckles over ikke at være en god skattejæger ligesom hendes Tails afslørede, at en Chaos Emerald var derinde. Trods Rouge ikke lide at rejse gennem en vulkan, de gik ind. De opdagede Chaos Emerald, da de var på vej til at få fat i det Iblis optrådte. Efter at have slået det, Sonic og Shadow brugte Chaos Kontrol til at åbne et rum tid splittelse og gå tilbage i tiden, da Rouge forlod hun bemærket en flamme og en mørk tåge og stirrede på den, indtil hun gik gennem portalen, Shadow bemærket hvor Rouge var leder, og bemærket Mephiles havde reformeret fra tågen, Shadow fulgte Mephiles da han løb væk, portalen glemt. Shadow fanger op til Mephiles og Mephiles viser Shadow en lyserød bur-lignende objekt, der har Shadow forseglet i det. Mephiles forklarer, at menneskeheden ikke var også jaloux på sin magt, men de var bange for det. Han forklarede, at Shadow blev brugt som syndebuk for ødelæggelse af verden og så han blev forseglet. Tilbage i nutiden, Rouge er bekymret for Shadow, hun husker Omega i standby i fremtiden, så hun rejste til ruiner tæt Soleanna og fundet Omega der, hun gav ham Chaos Emerald og fortalte ham om at blive i stand-by tilstand, indtil den tid, de ankom i fremtiden. Tilbage i fremtiden, Mephiles er nede, da Shadow er at gå imod ham, Mephiles affyrer en blast som sender Shadow flyver ind i en nær drypsten, der krænker ham for en kort tid. Mens Shadow er at fange hans ånde og Mephiles er gå frem, er kugler affyret mellem dem. Kuglerne blev affyret af Omega. Omega var der for at hjælpe Shadow. De kæmper igen Mephiles og før de kunne hjørne ham, Mephiles brugte en splittelse til at gå tilbage i tiden. Shadow og Omega sprang igennem og endte tilbage på lageret distriktet Soleanna hvor de mødtes med Rouge. Rouge kontaktede GUN at opdage mere information om Scepter of Darkness som Shadow jaget et tog for at komme til Dr. Eggman. Når Shadow fanget med toget han brød igennem togets tag og interogated Eggman, Eggman ikke var tilfreds med Shadow ind og forhøre ham. De lavede en aftale, som Shadow ville generobre Mephiles og derefter Eggman ville fortælle Shadow alt om Solaris. Sonic blev også jagter Eggman s toget, men blev stoppet af sølv, der blev slået af Shadow de derefter rejste tilbage i tiden 10 år siden for at opdage fortiden, Silver indså, at Mephiles hvem han betroede var ondt og forsøger at ødelægge verden. Shadow brugte den oprindelige Scepter of Darkness at forsegle Mephiles indtil nuværende tidspunkt. Hvilket forårsagede Mephiles at hade og angribe Shadow når alle Shadow gjorde forsvarede sig ikke at vide, at han var den, der i fremtiden ville rejse tilbage i tiden til at forsegle Mephiles og så videre. Mens dette skete Omega var på stranden, havde han mødte Mephiles og åbnede ild på Shadow skygge. Mephiles anført, at dette kun bevist, at han var den, der besejrede og forseglet Shadow i fremtiden. Shadow og Rouge gik op til Omega, Rouge spurgte, hvad der skete. Omega forklarede Shadow, at han var den, der forseglede ham i fremtiden. Shadow forblev tavs i hele prøvelser, men Rouge vredt, at det ikke var fair, Shadow er altid klar til at forsvare verden, på trods af at han er frygtet af menneskeheden. Shadow begyndte at gå væk fra, men blev kaldt tilbage af Rouge, som derefter udtalt, at selvom verden var imod Shadow, ville hun altid være ved hans side. Shadow, Rouge og Omega stødt Mephiles i ruinerne i ørkenen, og kæmpede ham for en sidste gang. Shadow derefter attepmted at forsegle Mephiles med en nyligt lavet Scepter of Darkness. Efter slaget med Mephiles, flygtede han og gik til Sonic og spiddet ham forårsager prinsesse Elise til at græde og frigivet de forseglede Flames of Disaster inden hendes Mephiles derefter blev hele Guds Solaris. Shadow og hans team samt Silver, Amy, Knuckles, Tails og Eggman blev transporteret til enden af verden, hvor de så prinsesse Elise med Sonic som nu var død. Eggman erklærede, at rum og tid var blevet unormal og snart vil det bryde sammen, ødelægge alt, og det var umuligt at ødelægge Solaris som den eksisterede i fortiden, nutiden og fremtiden. Sølv udbrød, at han ville ødelægge det hele på én gang, Shadow imødegås at sige, at uden Sonic hjælp, ødelægger Solaris i 3 separate tidslinjer ville være umuligt. Prinsesse Elise erklærede, at hun stadig følte Sonic tilstedeværelse, som forårsagede Sølv til at komme med en plan, der indebærer at bringe Sonic tilbage med Chaos Emeralds. Shadow, Sølv, Amy, Knuckles, Tails, Rouge og Omega alle ledes til forskellige retninger for at få en Chaos Emerald hver. Når de bragte smaragder tilbage, prinsesse Elise gjorde et ønske på Chaos Emeralds, og bragte Sonic tilbage i sin Super formular. Shadow og Silver derefter også slået Super at gå og kæmpe Solaris. I sidste ende blev tidslinjen ændret af Sonic og Elise, sletning begivenhederne i Soleanna og muligvis forlader hans fremtid åben.
